El agente Doggett investiga la muerte de un funcionario de la EPA. El coche que llevaba el funcionario fue forzado por una mujer que había recogido por el camino. Doggett le pide ayuda a Scully que ha regresado a su puesto de profesora en la Academia del FBI en Quantico.

Doggett alcanza a Shannon McMahon, la mujer que el funcionario de la EPA, había recogido en su coche. Ella le dice que es un soldado y que la gente que ha matado estaba preparando el suministro de agua y le pide a Doggett divulgar la verdad.

Doggett y Reyes investigan la muerte de una pareja en West Virginia, y todo parece indicar que fue un asesinato ritual satánico. Vinculan el asesinato a un médico encarcelado en una institución mental. Dogget está convencido de que el médico está organizando los crímenes desde el interior del hospital.

Durante una operación de vigilancia del asesino Irwin Lukesh, Doggett es testigo del ataque de Lukesh a Reyes. Pero cuando Doggett encuentra a Reyes en su apartamento más tarde, aparentemente está bien. Mientras tanto, Doggett es alcanzado por una bala, y Lukesh identifica a Reyes como autor del crimen. A Reyes le retiran su placa y su arma, mientras Doggett se encuentra en el hospital, en estado grave. Se desvela que Lukesh posee el poder para cambiar entre universos paralelos y alterar los eventos de cada uno.

Cuando una proeza en un programa de televisión local sale terriblemente mal con la muerte de un hombre, Doggett y Reyes investigan los hechos. Pero cuando empiezan a salir moscas de los ojos de la víctima, los dos deciden llamar a Scully para ayudarles en la investigación.

Scully habla con una pareja que afirma que su bebé tiene las mismas habilidades que William y que además tienen información relacionada con el programa de super soldados. La pareja exige hablar solamente con Mulder, creyendo que él es el único que puede desvelar el puzlze y descubrir la verdad. Scully se encuentra en una situación difícil donde tiene que decidir si puede meter a Mulder en más peligro a pesar de querer verle.

Scully y Reyes unen sus fuerzas para tratar de encontrar a Doggett que se encuentra desaparecido. Mientras, Doggett tiene sus propios problemas al despertarse en una cárcel en México sufriendo los efectos de amnesia. Sin saber quién es, Doggett pronto se hace amigo de un contrabandista.

El agente Reyes toma las riendas de un caso X-file, sobre un hombre encontrado desollado, después de que él mismo había tenido visiones de otras personas desollados. Reyes llama a Scully para usar su experiencia en este tipo de casos extraños.

Cuando las piezas de la nave en África resurgen, los conspiradores dentro del FBI tratan de ocultar la información del departamento de X-Files, especialmente de la única persona que podría tener algún significado especial de todo esto – Scully. Cuando Doggett y Reyes descubren que Scully y su hijo están en gran peligro, tendrán que protegerlos de las fuerzas del mal que los persiguen, mientras Scully se verá obligada a tomar medidas drásticas para proteger a su hijo.

Scully está ansiosa por recuperar a William de sus secuestradores y decide tomar la justicia por su mano, cuando ve que la ayuda del FBI en la investigación no sirve de nada. Con la ayuda de los Pistoleros Solitarios, Scully descubre información aterradora sobre los captores de su hijo. Una vez más se verá obligada a enfrentarse al misterio del siniestro interés de otros por su hijo

Doggett y Scully buscan respuestas que podrían salvar la vida de Reyes que ha sufrido un grave accidente de coche. A la vez Reyes también está luchando para mantenerse con vida en un mundo entre la vida y la muerte. Reyes se da cuenta de que tiene poco tiempo cuando otros en este mundo empiezan a desaparecer.

Scully, Doggett y Reyes investigan un caso antiguo que tuvo Doggett cuando era policía en Brooklyn, conocido como “El asesino del destornillador”. Tratarán de determinar si el hombre que fue declarado culpable, ahora en libertad, fue en realidad el responsable de los asesinatos.

Cuando Reyes utiliza la numerología para conectar los asesinatos de varias mujeres a un asesino en serie obsesionado, Scully y ella quedan atrapadas con un misterioso hombre que juega a las damas, que podría, o no, ser el asesino. La pregunta surge, quien será la siguiente víctima.

Monstruos escondidos bajo la cama de un niño pequeño puede ser algo más que el producto de una gran imaginación cuando los agentes Harrison, Doggett y Reyes investigan el caso. Encuentran que hay más que no se ha contado en la historia de la misteriosa muerte de la madre del niño, que al parecer se apuñaló varias veces. Mientras, Scully lleva a cabo una autopsia de un gato muerto.

Cuando Morris Fletcher aporta información a los agentes Reyes y Doggett sobre los “Super Soldados”, estos piden ayuda a los Pistoleros Solitarios. Sin embargo, el grupo de hombres armados se encuentran en un complot bio-terrorista para liberar una toxina mortal sobre la población.

Doggett encuentra a alguien en las oficinas de X-Files, tratando de robar documentos relacionados con la hermana de Mulder. El intruso es un hombre con muchas cicatrices culpando a conspiradores del Gobierno por su desfiguración. Afirma que la fuente de esa información – y de hecho, el que le ayudó a entrar en las oficinas – es Mulder. A pesar de no querer divulgar el paradero del agente desaparecido, el hombre misterioso tiene el suficiente conocimiento de los X-Files, para que Doggett sospecha que podría ser el propio Mulder. Los temores de Scully por su hijo se elevan cuando le inyectan una sustancia desconocida.

Un cadete del FBI con un perfil increíble, informa a los agentes Doggett, Reyes y Scully, que tiene una pista sobre un posible sospechoso de asesinatos recientes, afirmando además que podría ser el mismo asesino responsable de la muerte del hijo de Doggett. Los agentes se preguntan si su conocimiento de las muertes es debido a su obsesión con los casos que estudió en Quantico, o si él está de alguna manera involucrado en los asesinatos.

Después de un año sin saber el paradero de Fox Mulder, A.D. Skinner y la agente Scully se enteran de que se encuentra recluído por el asesinato de un militar que no pudo haber matado: Knowle Rohrer, uno de los “Super Soldados”. Skinner como defensa de Mulder, trata de declarar a su favor. Sin embargo, el tribunal militar no está interesado en la verdad.

Cuando una persona inesperada viene a rescatar a Mulder, en vez de cruzar la frontera hacia el norte para estar a salvo, Mulder decide dirigirse al suroeste hacia las ruinas de Anasazi de Nuevo México en busca de un misterioso hombre sabio a quien los indios llaman El Guardián de la Verdad.

Este episodio nos muestra diferentes resúmenes de episodios anteriores, (hasta el episodio – “Our Town”), explicando la historia de Mulder y Scully, además de conocer la historia de otros personajes importantes de la serie, como Skinner y X Deep Throat, CSM.

Este episodio nos muestra los aspectos más destacados de episodios anteriores, incluido el secuestro de Scully, la hermana de Mulder, y otras de la tercera temporada de la serie.

Este episodio nos llevará detrás de las cortinas a la sala de producción, donde nos enseñarán las discusiones de los personajes que hubo, las pifias que se hicieron durante el rodaje de los episodios, y muchas cosas más.