Mientras trabaja con Pete Thornton organizando el dispositivo de seguridad que protegerá una valiosísima antigüedad china que se va a exhibir en los Estados Unidos, MacGyver descubre que una antigua novia a la que creía muerta está viva. Ella y su marido, ex miembro de la KGB, le piden ayuda a MacGyver para desertar, y él organiza un complicado plan con su amigo Jack Dalton. El plan sale mal y MacGyver y los desertores son capturados. Entonces la KGB enfrenta a MacGyver con Thornton, ya que le exige que robe el dragón chino a cambio de liberar a los desertores.

MacGyver y su viejo amigo Jack Dalton roban un valioso dragón chino para conseguir liberar a Lisa Kohler, un antiguo amor de Mac. Se hace el intercambio, pero Lisa le dice a MacGyver que tienen que volver a por su marido, al que él ya daba por muerto. Cuando los capturan, MacGyver y Dalton descubren que Lisa los ha engañado. Y ahora, con el dragón en su poder, la KGB ordena la ejecución de los dos agentes.

Hank Aaron hace un cameo en este episodio como ayudante de Jimmy “el Matón”, que ahora entrena un equipo de béisbol. Los problemas empiezan cuando alguien descubre la nueva identidad de Jimmy y MacGyver y Pete Thornton se ven obligados a conseguirle una vez más una nueva identidad. Sus planes se van al traste cuando la organización mafiosa para la que trabajaba Jimmy descubre que sigue vivo y secuestra a su hija y a su nieto para obligarlo a salir de su escondrijo. Jimmy, que tiene miedo de que MacGyver meta a la policía en el caso, decide solucionar el asunto por su cuenta, aunque Mac le sigue la pista para intentar que tanto él como su familia vuelvan a casa sanos y salvos.

Durante una excursión por los solitarios parajes del norte del país donde se originó la leyenda del Pie Grande, MacGyver rescata a una jovencita asustada de un barco abandonado. Sin embargo, antes de poder ponerla a salvo, descubre una operación secreta para robar petróleo de un oleoducto cercano. La vida de la chica corre peligro cuando los ladrones la toman como rehén, y MacGyver tiene que liberarla, abortar la operación y desentrañar de una vez por todas la leyenda del Pie Grande.

Danny Barrett es asesinado justo cuando estaba a punto de desmantelar una sofisticada operación de robo de diamantes. MacGyver decide resolver el caso y vengar así la muerte de su amigo. Junto con la hermana de Danny, Nikki Carpenter, elabora un complicado plan para desenmascarar a Amir Sumal, un agregado cultural del que sospechan que aprovecha su identidad diplomática para robar los diamantes.

Un caza experimental ultrasecreto se estrella en la Alemania Oriental y MacGyver y Nikki Carpenter cruzan la frontera para localizar y destruir los restos del avión antes de que lo encuentren los rusos. Sin embargo, cuando llegan al lugar del accidente los soviéticos ya están analizando los restos. La situación se complica todavía más cuando Peter Starkoss, un famoso vidente soviético que ha guiado a los rusos hasta el lugar, descubre a MacGyver y le pide ayuda para desertar y librarse del modo en que su gobierno explota su don. MacGyver tendrá que encontrar la manera de terminar la misión con éxito y sacar a sus dos acompañantes del país.

MacGyver se va a Arkansas porque su viejo amigo Jack Dalton le ha pedido ayuda. Pero poco después de llegar se mete en un lío por un enfrentamiento con el sheriff. MacGyver termina en el mismo campo de trabajos forzados que Dalton, que reconoce que lo ha hecho venir hasta allí para buscar el legendario botín de un atraco a un banco del que se dice que está escondido en un pozo minero de la zona. Cuando se dan cuenta de que las autoridades están utilizando a los presos para buscar el mismo botín, MacGyver y Dalton intentan encontrar la manera de escapar del campo y alertar a las autoridades estatales.

Michele Forrester, una vieja amiga de MacGyver, pierde la vida en un accidente de escalada, y Mac, que se culpa por lo ocurrido, se encierra en la cabaña de Pete sin querer ver a nadie. Mientras, el asesino profesional Murdoc ha vuelto para vengarse, y engaña a Nikki Carpenter para que lo lleve hasta MacGyver. Murdoc consigue arrinconarlos a los dos y Mac se da cuenta de que su única posibilidad de salir con vida es escapar a través de la terrible pared rocosa en la que murió Michele.

MacGyver regresa a la facultad donde estudió para hacer de árbitro en una competición de física organizada por uno de sus profesores, Julian Ryman. La presión es mucha para los cuatro alumnos finalistas, especialmente para el hijo de Ryman, David, que intenta ganar el concurso para conseguir la aprobación de su padre, del que está distanciado.Cuando otro alumno gana inesperadamente, MacGyver tiene sospechas de que hay algo raro y hace algunas indagaciones, mientras David, abatido por su fracaso, se encierra en un laboratorio con una bomba de fabricación casera que estallará en pocos minutos.

Cuando un misterioso asesino empieza a acosar a Nikki, MacGyver descubre un secreto sorprendente sobre el pasado de su compañera. Mientras, Pete Thornton y la Fundación Fénix tienen que encargarse de un grupo terrorista internacional que amenaza con hacer estallar bombas por toda la ciudad si no se libera a su líder, que ha sido recientemente encarcelado. Tras investigar un poco, MacGyver descubre que Nikki se ha interpuesto sin querer en el camino de los terroristas, y que podría ser el cebo perfecto para hacerlos caer en una trampa.

MacGyver tiene la misión de ir a buscar un satélite con restos de un experimento biológico fallido que se ha estrellado en una zona apartada. Cuando llega allí, descubre que todos los animales del lugar han muerto misteriosamente. Su investigación lo lleva a enfrentarse con la doctora Sandra Millhouse, la científica que diseñó el experimento, ya que pretende seguir con su trabajo en nombre del progreso científico a pesar de la posibilidad de volver a provocar alguna catástrofe.

Pete Thornton se ve obligado a retirarse de la Fundación Fénix tras un catastrófico accidente que se ha producido durante una operación de desmantelamiento de una cabeza nuclear que supervisaba él. Sin embargo, MacGyver empieza a sospechar que ocurre algo raro cuando los nuevos mandos empiezan a deshacerse de otros empleados de la Fundación que llevaban mucho tiempo trabajando para ella, y al ver que las directrices de la agencia son cada vez más radicales. Al final se produce un enfrentamiento en el que MacGyver y Nikki luchan por desenmascarar a los traidores e impedir que lleven a cabo su plan de asesinar a un líder del tercer mundo que está visitando el país.

Cuando su viejo amigo Jack Dalton (interpretado por Bruce McGill) aparece en la ciudad para pedirle ayuda con una nueva aventura empresarial, MacGyver ya sospecha que va a tener problemas. De mala gana acepta hacerle de copiloto en un vuelo en jet privado en el que van a llevar de vuelta a Francia a una mujer adinerada de la alta sociedad que ha estado comprando joyas en los Estados Unidos. Cuando aterrizan en Francia, MacGyver y Dalton son detenidos y se enteran de que sin quererlo han sido cómplices de un robo internacional de joyas. Las autoridades francesas no dan crédito a su versión de los hechos y amenazan con torturarlos, por lo que MacGyver y Dalton deciden fugarse para limpiar su nombre y atrapar a los verdaderos culpables con las manos en la masa.

MacGyver está en Minnesota echándole una mano a su antiguo entrenador, Turk Donner, con los playoffs de la liga estatal universitaria, y tiene un enfrentamiento con el jugador estrellad el equipo, Derek Kirby (interpretado por Jeff Schultz), un miembro del equipo olímpico nacional cuya destreza en el hielo queda eclipsada por su mal carácter. No tarda en estallar la guerra entre MacGyver y el padre de Derek, que opina que el juego agresivo de su hijo es perfecto para conseguir entrar en la liga profesional. Al final Derek se ve obligado a decidir si realmente quiere ser jugador profesional o si prefiere volver a intentarlo con el equipo olímpico.

MacGyver se convierte en objetivo de un misterioso asesino cuando intenta retrasar la construcción de un nuevo puerto deportivo hasta que se conozca el resultado del estudio de impacto ambiental que él mismo está realizando para la Fundación Fénix. Se salva por los pelos de un intento de asesinato que lo deja ciego temporalmente, y su nueva novia, Deborah, le propone que se vayan a pasar el fin de semana fuera. Lo que MacGyver no sabe es que Deborah es una asesina a sueldo que pretende apartarlo del proyecto del puerto de una vez por todas.

MacGyver entabla amistad con “Terremoto” Toberman, un montañero que ha sido testigo de como una empresa de gestión de residuos vertía ilegalmente productos tóxicos en un arroyo. Aunque al principio se niega a testificar, finalmente decide hacerlo, pero la empresa intenta desacreditarlo como testigo sacando a la luz ciertos datos sobre su participación en la guerra de Vietnam. Cuando lo acusan de asesinato, Terremoto se asusta y huye, así que MacGyver tendrá que salir al rescate y exonerarlo de todos los cargos.

MacGyver y su amigo Jack Dalton (interpretado por Bruce McGill) deciden llevar a un viejo amigo indio, Dos Águilas, hasta su reserva kaqwani para que pueda conectar por última vez con el espíritu del lobo. Los problemas surgen cuando dos cazafortunas que piensan que Dos Águilas puede llevarlos hasta un lugar sagrado en el que está oculta la legendaria “máscara del Illehkam” se enteran de los planes de Mac y Dalton. Cuando los dos malhechores secuestran a Dos Águilas, MacGyver y Dalton van a toda prisa a la reserva para intentar rescatar a su amigo y evitar que los cazafortunas se hagan con la reliquia sagrada de su pueblo.

MacGyver y Jack Dalton tienen problemas cuando un alguien abandona a un bebé, supuestamente hijo de Jack, en el hangar de Dalton. Al principio se siente abrumado por la idea de ser padre, pero cambia radicalmente de actitud cuando encuentran un montón de dinero entre las pertenencias del niño. Cuando dos matones aparecen en escena y se descubre que el dinero es falso, MacGyver y Dalton emprenden una desesperada búsqueda de la madre del niño, Katie, la única persona que sabe quiénes son los falsificadores y si Jack Dalton es o no es el verdadero padre.

Después de un roce con la muerte, MacGyver se va de viaje para visitar a un antiguo amor, Karen Miller, con la esperanza de hacer que resurja el romance. Al llegar descubre que Karen, que es vigilante en un parque natural, ya tiene una relación con otro hombre y decide marcharse, pero poco antes descubren los restos de un oso víctima de los cazadores furtivos. Karen se despide de MacGyver y sale en busca de los furtivos, pero él escucha casualmente una conversación que lo pone tras la pista de los cazadores y le da la oportunidad de ayudar a Karen por última vez.

MacGyver y Pete Thornton investigan el intento de asesinato de un directivo de una empresa china de transportes, Adam Chung, cuya negativa a vender la compañía lo ha puesto en grave peligro. Cuando les cuenta que el único heredero de su negocio es su nieto de catorce años, Luke Chung, al que no conoce, MacGyver lo organiza todo para que el chico visite a su abuelo en el hospital. Allí, a pesar de que cuenta con protección, unos asesinos consiguen acabar con la vida de Adam. Su siguiente objetivo es Luke, que cuando se enfrenta a los asesinos junto con MacGyver demuestra ser un chico lleno de recursos.